Foi na busca pelo reconhecimento como uma Fundação de excelência na gestão de projetos de pesquisa, de ensino e de extensão que as Diretorias Executivas da Funep decidiram pela implantação e manutenção do Sistema de Gestão da Qualidade - SGQ.
O SGQ foi estabelecido, documentado e implementado para o gerenciamento da qualidade e dos riscos inerentes às atividades relacionadas ao escopo da Certificação: gerenciamento de projetos de pesquisa e de serviços, realização de eventos, editoração, impressão e comercialização de livros e serviços. Foram estabelecidos procedimentos para identificar e conduzir as melhorias contínuas a fim de promover continuamente o progresso do sistema.
Em junho de 2013 a Funep submeteu seu Sistema de Gestão da Qualidade a uma auditoria externa. Na oportunidade, diante do desempenho apresentado e por entender que o seu SGQ apresentou todos os elementos necessários para confirmar o atendimento aos requisitos da norma, aos auditores do Organismo Certificador recomendaram a Funep para a obtenção da Certificação ISO 9001:2008. O Certificado inicial foi emitido em 27 de junho de 2013 e vem sendo renovado mediante auditorias externas anuais.
Em 2018 a Funep passou por auditoria externa visando a migração para a Norma ISO 9001:2015, o que se efetivou. O Organismo Certificador ratificou o atendimento, pela Funep, dos requisitos estabelecidos na versão 2015 da ABNT NBR ISO 9001 e um novo Certificado foi emitido em seu nome. Cada ciclo de certificação tem validade de três anos, mas, anualmente a Funep é submetida a auditorias de manutenção.
O desenvolvimento e o monitoramento do SGQ estão sob a coordenação da Diretoria Executiva, da Gerência Administrativa e da Coordenadora da Qualidade, juntamente com Coordenadores dos Setores Operacionais: Projetos, Eventos e Livraria e Editora; e dos Setores de Apoio: Compras, Financeiro, Recursos Humanos e Controladoria (Contabilidade, Fiscal e Patrimônio).
A Política da Qualidade da Funep tem por objetivo:
A excelência na gestão de projetos de pesquisa, ensino e extensão.
Garantir a qualidade e a confiabilidade dos nossos serviços.
Desenvolver ações contínuas para a melhoria dos processos de gestão.
O compromisso com o conhecimento e com a sustentabilidade ambiental.
Empreender ações de caráter científico, educacional, sustentável e de proteção e respeito ao ambiente.
A busca contínua da melhoria de seus processos.
Garantir o controle das atividades operacionais.
Elaborar ações de melhorias internas.
A satisfação dos parceiros pesquisadores, financiadores e fornecedores, além da satisfação interna dos colaboradores, conselheiros e diretores
Manter os parceiros satisfeitos.
Atender aos requisitos dos parceiros.
Oferecer treinamentos com qualidade e capacitar os colaboradores por meio de programas de desenvolvimento pessoal.