A FUNEP presta contas ao Ministério da Justiça, à Curadoria de Fundações do Ministério Público do Estado de São Paulo e à Secretaria de Estado de Justiça e da Defesa da Cidadania do Estado de São Paulo.
As suas contas são auditadas pelo Tribunal de Contas do Estado de São Paulo. E em consonância com o termo de cooperação universitária, também encaminha os relatórios de atividades à Secretaria Geral da Reitoria da UNESP.