De acordo com o Organograma, os órgãos da Administração da Funep são: a Diretoria Executiva, o Conselho Curador (órgão normativo, deliberativo e de controle interno da Administração) e o Conselho Fiscal (órgão de fiscalização financeira e contábil). O Compliance Officer é de apoio ao Conselho Curador e tem como missão básica: apoiar no planejamento, organização, implantação, execução, controle e melhoria contínua do sistema de gestão antissuborno.
São áreas de assessoria da Diretoria Executiva: a Assessoria Jurídica, a qual prestará serviços advocatícios de natureza consultiva, preventiva e contenciosa, visando sempre o patrocínio do interesse da Funep e o Encarregado pelo Tratamento de Dados Pessoais que atua como canal de comunicação entre o controlador, os titulares dos dados pessoais e a Autoridade Nacional de Proteção de Dados; da Gerência Administrativa, a Coordenação da Qualidade, a qual tem como atividade o acompanhamento, detecção das necessidades e resolução de problemas apontados pelos auditores internos e externos.
E tem-se os Setores Operacionais, que captam recursos, como: Projetos, Eventos, Livraria e Editora e Convênios Saúde (Médicos e Odontológicos) e aqueles de Apoio às atividades, que são: Recursos Humanos (RH), Compras, Financeiro, Controladoria (Contabilidade, Fiscal e Patrimônio) e Tecnologia da Informação.
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