As bolsas pagas pela Funep são, em geral, isentas de impostos federais, como o Imposto de Renda (IR), desde que atendam aos requisitos definidos pela legislação tributária brasileira. No entanto, a isenção de impostos pode variar de acordo com o tipo de bolsa, a modalidade de pagamento e as condições específicas do bolsista.
Bolsas de Estudo e Pesquisa: bolsas pagas a estudantes de graduação, pós-graduação (mestrado e doutorado), e pesquisadores são, em regra, isentas de IR, desde que não haja vínculo empregatício e o pagamento seja destinado a desenvolvimento educacional e ao aprimoramento acadêmico e científico.
Bolsas de Retribuições por Atividades de Extensão: essas bolsas são destinadas docentes e pesquisadores que atendam a Comunidade por meio de atividades de extensão. Serão destinadas também a profissional de nível superior ou médio, servidor técnico e auxiliar vinculados à Instituição de Ensino e/ou de Pesquisa pela realização de atividades de apoio em projetos. Essas bolsas podem ser tributadas, dependendo da natureza do contrato e da remuneração. Caso exista algum outro vínculo empregatício ou o valor da bolsa seja elevado, o beneficiário pode ser obrigado a pagar IR sobre o valor recebido, acumuladamente na sua declaração do imposto de renda.
Declaração de Imposto de Renda: mesmo que as bolsas sejam isentas de IR, o beneficiário deve declarar esses rendimentos na sua declaração de Imposto de Renda, caso o total de rendimentos ultrapasse o limite de isenção ou em situações onde a RFB (Receita Federal) exija o reporte dos valores recebidos.